Oleh karena itulah wilayah Timor Timur atau pulau Timor bagian timur belum menjadi bagian dari Indonesia sejak awal.
Berbeda dengan pulau Timor bagian barat yang dikuasai Belanda atau yang nantinya menjadi provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT).
Namun, proses kemerdekaan tidak semudah yang dibayangkan.
Ketegangan politik hingga fisik terjadi antara partai pro-kemerdekaan, dengan partai yang menginginkan TimTim menjadi bagian dari Indonesia.
Di tengah pertumpahan darah, masyarakat TimTim pada 30 November 1975 menggelar Deklarasi Balibo yang menegaskan poisis TimTim sebagai provinsi ke-27 Indonesia.
Pada tahun-tahun berikutnya muncul konflik antara pendukung kemerdekaan Timor Leste dan pemerintah Indonesia serta pendukung integrasi Timtim.
Sampai pada tahun 1991, terjadi apa yang disebut pembantaian Santa Cruz.
Ketika itu, tentara Indonesia melepaskan tembakan ke 4.000 pelayat pro-kemerdekaan di sebuah pemakaman yang sedang mengubur seorang siswa muda yang dibunuh oleh tentara.
Seorang jurnalis foto Inggris memfilmkan peristiwa yang menyebabkan lebih dari 200 orang tewas.