Pasukan Belanda memperlakukan Agus sesuai konvesi Jeneva.
Agus dirawat hingga sembuh, tapi kakinya terpaksa diamputasi, mengingat luka tembaknya sudah membusuk.
Agus masih hidup dan Irian Barat akhirnya jatuh ke tangan Indonesia.
Setelah perjuangan itu, kabar buruk kemudian menghampiri.
Pada akhir 1964, diadakan sebuah pertemuan perwira RPKAD membahas penghapusan tentara cacat dari RPKAD.
Keputusan itu sempat diprotes atasan Agus, Benny Moerdani.
Alih-alih mendapat persetujuan, Benny justru dimutasi ke Kostrad karena dianggap membangkang.
Baca Juga: Terlanjur Kecewa, Baret Merah Kebanggaan Kopassus Ia Lempar Dihadapan Komandannya
Sementara, Agus Hernoto tetap dikeluarkan dari RPKAD.
Sekeluarnya dari Kopassus, Agus sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa atau Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno.
Dijelaskan dalam buku 'Bagimu Negeri, Jiwa Raga Kami' karya Bob Heryanto Hernoto, Agus ditarik Benny Moerdani untuk bergabung di unit intelijen Kostrad.