Dari istri pertama, Hj Rumiyah lahir lima anak, di antaranya ayah Siti Atikoh.
Dari keluarga istri pertama ini, ada dua keturunan Mbah Hisyam yang mengelola pondok pesantren.
"Saya mengelola Ponpes Kalijaran ini, dan kakak saya almarhum, KH Muzammil Syaibani Hisyam Abdul Karim mengelola Ponpes di Sokaraja," terangnya.
Selain itu, dari keluarga nenek Siti Atikoh, Hj Rumiyah juga berasal dari kalangan pondok pesantren.
Saat ini, keluarga Hj Rumiyah masih aktif mengelola Pondok Pesantren Nurul Quran Bukateja.
"Sementara dari istri kedua, keturunan Mbah Hisyam saat ini mengelola Pondok Pesantren Salafiyah Karangasem," jelasnya.
KH Mustaid menambahkan, ada juga cucu Mbah Hisyam Kalijaran yang menikah dengan anak pengasuh pondok pesantren di beberapa daerah di Jawa Tengah.
Saat ini, mereka juga menjadi pengasuh.
"Salah satunya di Pekalongan. Saya lupa nama pondoknya. Sekarang cucu Mbah Hisyam itu yang mengelola," terangnya.
Selain di pondok pesantren, keluarga Ganjar dari istri juga banyak yang berkecimpung di organisasi Islam.
Di antaranya menjadi pengurus Muslimat NU Kabupaten Purbalingga.